Μικροβίωμα (SEPSIS)

Περιγραφή

Ανίχνευση βακτηρίων, μυκήτων και δεικτών αντίστασης σε αντιβιωτικά με πολυπλεκτική PCR και ανάστροφο υβριδισμό

Ο έλεγχος του μικροβιώματος (SEPSIS) είναι ένας in vitro διαγνωστικός έλεγχος για τις ανθρώπινες ενδονοσοκομειακές μολύνσεις. Βασίζεται σε πολυπλεκτική PCR και ανοσοστύπωμα κηλίδας ανάστροφου υβριδισμού για την ταυτόχρονη ανίχνευση βακτηρίων, μυκήτων και των πιο κοινών γονιδίων αντίστασης στα αντιβιωτικά σε μία μόνο εξέταση. Επιτρέπει την ταυτόχρονη ανίχνευση άνω των 36 ειδών βακτηρίων (Coagulase-Negative Staphylococci, Staphylococcus aureus, Streptococcus spp., Streptococcus pneumoniae, Streptococcus agalactiae, Streptococcus pyogenes, Listeria monocytogenes, Enterococcus spp., Pseudomonas aeruginosa, Acinetobacter baumannii, Neisseria meningitidis, Stenotrophomonas maltophilia, Escherichia coli, Klebsiella pneumoniae, Serratia marcescens, Enterobacteriaceae species, και Proteus/Morganella spp.), ειδών μυκήτων (Candida albicans and Candida spp.) και 20 δεικτών αντίστασης αντιβιωτικών. Σχετικά με τους δείκτες αντίστασης αντιβιωτικών, ο έλεγχος ανιχνεύει ένα γονίδιο αντίστασης στη μεθυκιλίνη (mecA), δύο γονίδια αντίστασης στη βανκομυσίνη (vanA και vanB), δύο για την αντίσταση στη αντιβιωτικά β-λακτάμης (blaSHV και ευρέως φάσματος blaCTX- M), και 15 γονίδια για την αντίσταση στις καρβαπενέμες (kpc allele: 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22 και 23, sme allele: 1, 2, 3, 4 και 5, nmc/imi allele: 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8 και 9, ges allele: 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25 και 26, vim allele: 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45 και 46, gim allele: 1 and 2, spm, ndm allele: 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15 και 16, sim, imp3, 15, 19_like allele: 1, 2, 3, 5, 6, 8, 9, 10, 11, 15, 19, 20, 21, 24, 25, 28, 29, 30, 40, 41, 42 και 47, oxa23_like allele: 23, 27, 49, 73, 133, 146, 165, 166, 167, 168, 169, 170, 171 και 225, oxa24_like allele: 24, 25, 26, 40, 72, 139 και 160, oxa48_like allele: 48, 162, 163 και 181, oxa51_like allele: 51, 60, 65, 66, 67, 68, 69, 70, 75, 76, 77, 78, 79, 80, 82, 83, 84, 88, 89, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 98, 99, 106, 107, 108, 109, 110, 111, 112, 113, 115, 116, 117, 128, 130, 131, 132, 138, 144, 148, 149, 150, 172, 173, 174, 175, 176, 177, 178, 179, 180, 195, 196, 197, 194, 200, 201, 202, 203, 206, 208 και 223, oxa58_like allele: 58, 96, 97 και 164). Η μέθοδος βασίζεται στην ενίσχυση των DNA στόχων με 2 πολυπλεκτικές αντιδράσεις PCR και ακολούθως με τον υβριδισμό βιοτιλιωμένων αμπλικόνιων σε ειδικούς DNA ιχνηθέτες.