HRD SOLID

Περιγραφή

Γενικά

Το μονοπάτι της Επιδιόρθωσης Ομόλογου Ανασυνδυασμού (HRR) παίζει σημαντικό ρόλο στη διάσπαση του διπλού κλώνου DNA, η οποία είναι μία από της κύριες αιτίες ανάπτυξης καρκίνου. Έχει αποδειχθεί ότι η απώλεια της λειτουργίας των γονιδίων HRR (π.χ. BRCA1, BRCA2, PALB2) και η ανεπάρκεια του μηχανισμού του ομόλογου ανασυνδυασμού (HRD) προκαλεί υψηλότερο κίνδυνο εμφάνισης καρκίνου. Ασθενείς με μεταλλάξεις γονιδίων HRR έδειξαν υψηλότερη ανταπόκριση σε PARPi και σε σχήματα που περιέχουν πλατίνα.
HRD

Ο έλεγχος

Ο έλεγχος βασίζεται στην τεχνολογία NGS (Reversible Terminator Sequencing) και προορίζεται για την ποιοτική ανίχνευση μεταλλαγών στα γονίδια AR, ATM, ATR, BARD1, BRCA1, BRCA2, BRIP1, CDH1, CDK12, CHEK1, CHEK2, ESR1, FANCA, FANCL, HDAC2, HOXB13 , MRE11A, NBN, PALB2, PPP2R2A, PTEN, RAD51B, RAD51C, RAD51D, RAD54L, STK11 και TP53 (σε εξόνια και όρια εξονίων-ιντρονίων) και hotspots στα γονίδια BRAF, ERBB2, KRAS, NRAS και PIK3CA. Κατάλληλο δείγμα είναι ο κύβος παραφίνης (FFPE). Οι ανιχνευόμενες παραλλαγές περιλαμβάνουν σημειακές μεταλλάξεις, μικρές εισαγωγές και διαγραφές στα HRR γονίδια.


Πάνελ γονιδίων

AR CDH1 HDAC2 PPP2R2A
ATM CDK12 HOXB13 PTEN
ATR CHEK1 KRAS* RAD51B
BARD1 CHEK2 MRE11A RAD51C
BRAF* ERBB2* NBN RAD51D
BRCA1 ESR1 NRAS* RAD54L
BRCA2 FANCA PALB2 STK11
BRIP1 FANCL PIK3CA* TP53

* Στα γονίδια αυτά ελέγχονται hotspot μεταλλαγές

Αποτελέσματα επικύρωσης

Η επικύρωση του ελέγχου έγινε με τη χρήση κλινικών δειγμάτων, εμπορικά διαθέσιμων πρότυπων αναφοράς, κυτταρικών σειρών και εσωτερικών δειγμάτων αναφοράς.
Η ακρίβεια και ειδικότητα του ελέγχου ανήλθε στο 100%, με όριο ανίχνευσης το 5%.
Η εκτίμηση της συχνότητας αλληλίου ήταν σε συμφωνία με το προκαθορισμένο αποτέλεσμα σε εμπορικά πρότυπα αναφοράς.

Γονίδιο Μεταλλαγή Προκαθορισμένο AF% Ανιχνευθέν AF%
ATM NM_000051.3:exon23:c.3380C>T:p.A1127V 4.5% 5.25%
ATR NM_001184.3:exon43:c.7343C>T:p.T2448I 5.49% 5.31%
BRCA1 NM_007294.3:exon13:c.4327C>T:p.R1443* 4.66% 4.76%
BRCA2 NM_000059.3:exon11:c.2886T>C:p.(H962=) 5.3% 7.39%
BRIP1 NM_032043.2:exon6:c.550G>T:p.D184Y 5.42% 4.89%
CDH1 NM_004360.3:intron14:c.2295+2T>C:p.? 4.79% 5.12%
TP53 NM_000546.5:exon10:c.1079G>A:p.G360E 4.96% 6.23%
ATM NM_000051.3:intron34:c.5178-4_5178-3insT:p.? 4.76% 4.51%
ATR NM_001184.3:intron33:c.5739-14_5739-6delinsT:p.? 4.52% 7,81%
BRCA2 NM_000059.3:exon23:c.9097delA:p.T3033Lfs*29 4.83% 6.75%
CDH1 NM_004360.3:exon7:c.944_945insA:p.N315Kfs*6 4.63% 5.17%
MRE11 NM_005591.3:exon13:c.1441delA:p.T481Hfs*43 5.14% 5.34%
PPP2R2A NM_002717.3:exon2:c.43delT:p.S15Lfs*3 5.11% 6.02%
PTEN NM_000314.4:3’UTR:c.*10delT:p.? 4.91% 4%
RAD54L NM_001142548.1:exon19:c.2050_2052delTGT:p.C684del 5.06% 5.19%