Περιγραφή
Γενικά
Το μονοπάτι της Επιδιόρθωσης Ομόλογου Ανασυνδυασμού (HRR) παίζει σημαντικό ρόλο στη διάσπαση του διπλού κλώνου DNA, η οποία είναι μία από της κύριες αιτίες ανάπτυξης καρκίνου. Έχει αποδειχθεί ότι η απώλεια της λειτουργίας των γονιδίων HRR (π.χ. BRCA1, BRCA2, PALB2) και η ανεπάρκεια του μηχανισμού του ομόλογου ανασυνδυασμού (HRD) προκαλεί υψηλότερο κίνδυνο εμφάνισης καρκίνου. Ασθενείς με μεταλλάξεις γονιδίων HRR έδειξαν υψηλότερη ανταπόκριση σε PARPi και σε σχήματα που περιέχουν πλατίνα.
Ο έλεγχος
Ο έλεγχος βασίζεται στην τεχνολογία NGS (Reversible Terminator Sequencing) και προορίζεται για την ποιοτική ανίχνευση μεταλλαγών στα γονίδια AR, ATM, ATR, BARD1, BRCA1, BRCA2, BRIP1, CDH1, CDK12, CHEK1, CHEK2, ESR1, FANCA, FANCL, HDAC2, HOXB13 , MRE11A, NBN, PALB2, PPP2R2A, PTEN, RAD51B, RAD51C, RAD51D, RAD54L, STK11 και TP53 (σε εξόνια και όρια εξονίων-ιντρονίων) και hotspots στα γονίδια BRAF, ERBB2, KRAS, NRAS και PIK3CA. Κατάλληλο δείγμα είναι ο κύβος παραφίνης (FFPE). Οι ανιχνευόμενες παραλλαγές περιλαμβάνουν σημειακές μεταλλάξεις, μικρές εισαγωγές και διαγραφές στα HRR γονίδια.
Πάνελ γονιδίων
| AR | CDH1 | HDAC2 | PPP2R2A |
| ATM | CDK12 | HOXB13 | PTEN |
| ATR | CHEK1 | KRAS* | RAD51B |
| BARD1 | CHEK2 | MRE11A | RAD51C |
| BRAF* | ERBB2* | NBN | RAD51D |
| BRCA1 | ESR1 | NRAS* | RAD54L |
| BRCA2 | FANCA | PALB2 | STK11 |
| BRIP1 | FANCL | PIK3CA* | TP53 |
* Στα γονίδια αυτά ελέγχονται hotspot μεταλλαγές
Αποτελέσματα επικύρωσης
Η επικύρωση του ελέγχου έγινε με τη χρήση κλινικών δειγμάτων, εμπορικά διαθέσιμων πρότυπων αναφοράς, κυτταρικών σειρών και εσωτερικών δειγμάτων αναφοράς.
Η ακρίβεια και ειδικότητα του ελέγχου ανήλθε στο 100%, με όριο ανίχνευσης το 5%.
Η εκτίμηση της συχνότητας αλληλίου ήταν σε συμφωνία με το προκαθορισμένο αποτέλεσμα σε εμπορικά πρότυπα αναφοράς.
| Γονίδιο | Μεταλλαγή | Προκαθορισμένο AF% | Ανιχνευθέν AF% |
| ATM | NM_000051.3:exon23:c.3380C>T:p.A1127V | 4.5% | 5.25% |
| ATR | NM_001184.3:exon43:c.7343C>T:p.T2448I | 5.49% | 5.31% |
| BRCA1 | NM_007294.3:exon13:c.4327C>T:p.R1443* | 4.66% | 4.76% |
| BRCA2 | NM_000059.3:exon11:c.2886T>C:p.(H962=) | 5.3% | 7.39% |
| BRIP1 | NM_032043.2:exon6:c.550G>T:p.D184Y | 5.42% | 4.89% |
| CDH1 | NM_004360.3:intron14:c.2295+2T>C:p.? | 4.79% | 5.12% |
| TP53 | NM_000546.5:exon10:c.1079G>A:p.G360E | 4.96% | 6.23% |
| ATM | NM_000051.3:intron34:c.5178-4_5178-3insT:p.? | 4.76% | 4.51% |
| ATR | NM_001184.3:intron33:c.5739-14_5739-6delinsT:p.? | 4.52% | 7,81% |
| BRCA2 | NM_000059.3:exon23:c.9097delA:p.T3033Lfs*29 | 4.83% | 6.75% |
| CDH1 | NM_004360.3:exon7:c.944_945insA:p.N315Kfs*6 | 4.63% | 5.17% |
| MRE11 | NM_005591.3:exon13:c.1441delA:p.T481Hfs*43 | 5.14% | 5.34% |
| PPP2R2A | NM_002717.3:exon2:c.43delT:p.S15Lfs*3 | 5.11% | 6.02% |
| PTEN | NM_000314.4:3’UTR:c.*10delT:p.? | 4.91% | 4% |
| RAD54L | NM_001142548.1:exon19:c.2050_2052delTGT:p.C684del | 5.06% | 5.19% |