Περιγραφή
Η κυστική ίνωση αποτελεί την πιο συχνή κληρονομούμενη νόσο της λευκής φυλής. Πρόκειται για μία γενετική ασθένεια, η οποία οφείλεται σε παθογόνες μεταλλάξεις (αλλαγές στην αλληλουχία του DNA) του γονιδίου που ευθύνεται για την παραγωγή της πρωτεΐνης CFTR (Cystic Fibrosis Transmembrane Regulator). Οι μεταλλάξεις αυτές επιδρούν στη δομή και λειτουργία της πρωτεΐνης. Το γονίδιο εδράζεται σε τμήμα του μακρού σκέλους του χρωμοσώματος 7 (7q31.2) και περιλαμβάνει 27 κωδικοποιούσες περιοχές (εξώνια). Οι μεταλλάξεις ακολουθούν μενδελική κληρονομικότητα με υπολειπόμενο αυτοσωμικό χαρακτήρα, που σημαίνει ότι η ύπαρξη δύο παθογόνων μεταλλάξεων (μία από κάθε γονέα) απαιτείται για την εκδήλωση της νόσου. Ένα άτομο που φέρει μία μετάλλαξη, χαρακτηρίζεται φορέας και είναι απόλυτα φυσιολογικός ως προς τη νόσο.
Η Κυστική ίνωση είναι μία πολυσυστηματική νόσος η οποία προσβάλλει πολλά ζωτικά όργανα του ανθρώπινου οργανισμού. Οι σημαντικότερες επιπτώσεις αφορούν την αναπνευστική λειτουργία προκαλώντας δύσπνοια, λοιμώξεις του αναπνευστικού ή επίμονο βήχα, την παγκρεατική λειτουργία προκαλώντας παγκρεατική ανεπάρκεια, την ηπατική λειτουργία προκαλώντας σακχαρώδη διαβήτη, ενώ στους άντρες προκαλεί στειρότητα σε μεγάλο ποσοστό λόγω αμφοτερόπλευρης ή μονόπλευρης έλλειψης σπερματικού πόρου (CBAVD/CAVD). Ωστόσο, οι εκδηλώσεις της νόσου παρουσιάζουν μεγάλη ετερογένεια ως προς τα συμπτώματα και τη βαρύτητα τους.
Η συχνότητα εμφάνισης της νόσου στον Ελληνικό πληθυσμό εκτιμάται περίπου 1/2000-2500 γεννήσεις, ενώ το 4-5% του γενικού πληθυσμού είναι φορέας μετάλλαξης του γονιδίου, φέρει ένα γονίδιο CFTR με μετάλλαξη και ένα φυσιολογικό γονίδιο CFTR (άτομο ετεροζυγώτης) και δεν εκδηλώνει τη νόσο. Μέχρι στιγμής έχουν βρεθεί περισσότερες από 2000 μεταλλάξεις που η συχνότητα τους παρουσιάζει γεωγραφική και πληθυσμιακή ετερογένεια. Η πιο συχνή παθογόνος μετάλλαξη ονομάζεται f508del ή ΔF508 με συχνότητα εμφάνισης 50-55% στην Ελλάδα. Κάθε μετάλλαξη προκαλεί διαφορετική επίπτωση στη δομή, στη λειτουργικότητα και στα επίπεδα έκφρασης της πρωτεΐνης με αποτέλεσμα την ετερογένεια εκδήλωσης συμπτωμάτων. Έτσι, ενώ κάποιες μεταλλάξεις όπως η ΔF508 προκαλούν σοβαρές επιπτώσεις, άλλες μεταλλάξεις προκαλούν ήπια συμπτώματα ή συμπτώματα συσχετιζόμενα με τη νόσο της Κυστικής Ίνωσης (CFTR related disease).
Με γνώμονα τη συχνότητα εμφάνισης της νόσου, ο έλεγχος μεταλλάξεων τους γονιδίου CFTR συνιστάται στα πλαίσια προγεννητικού ελέγχου για την διερεύνηση γονέων που είναι φορείς καθώς επίσης και για τη διερεύνηση ανδρικής υπογονιμότητας. Επίσης, ο έλεγχος είναι πιο σημαντικό να εκτελείται όταν υπάρχει οικογενειακό ιστορικό της νόσου ή είναι ήδη γνωστή η ύπαρξη φορέα σε ένα από τους δύο γονείς. Στην περίπτωση που και οι δύο γονείς βρεθούν φορείς παθογόνου μετάλλαξης, συνιστάται γονιδιακός έλεγχος του εμβρύου με επεμβατική μέθοδο, καθώς υπάρχει 25% πιθανότητα να έχουν κληρονομηθεί οι μεταλλάξεις και από τους δύο γονείς.
Δυνατότητες γενετικού ελέγχου στο εργαστήριο μας
- Ανίχνευση της μετάλλαξης ΔF508
- Ανίχνευση του 85% των μεταλλάξεων του γονιδίου της Κυστική Ίνωσης
- Πλήρης αλληλούχιση του γονιδίου της Κυστικής Ίνωσης
Είδος δείγματος: Ολικό αίμα σε EDTA
Ανίχνευση της μετάλλαξης ΔF508
Η ανάλυση γίνεται με τη μέθοδο real time PCR με χρήση ειδικών ανιχνευτών (primers) και ιχνηθετών (probes).
Η ευαισθησία της μεθόδου φτάνει το 98%.
Ανίχνευση του 85% των μεταλλάξεων του γονιδίου της Κυστική Ίνωσης
Ανιχνεύονται 34 μεταλλαγές και ένας πολυμορφισμός οι οποίες αποτελούν το 87,89% των πιο συχνών μεταλλαγών:
CFTRdel2.3 (21kb), 1717-1G>A, G542X, W1282X, N1303K, _F508, 3849+10kbC>T, 394delTT, 621+1G>T, 2143delT , G551D, R117H, R1162X, R334W, A455E, 2183AA>G, 3659delC, 1078delT, DI507, R347H, R347P, R553X, , 3120+1G>A, 3272-26A>G, Y1092X, 2789+5G>A, 1898+1G>A, 711+1G>T, G85E, 2184delA, 2184insA, 3905insT, Y122X, IVS8 5T/7T/9T και R560T.
Μέθοδος
Γίνεται ενίσχυση τμημάτων του γονιδίου με τη μέθοδο της πολυπλεκτικής αλυσιδωτής αντίδρασης της πολυμεράσης (multiplex PCR) και χρήση εκκινητών σημασμένων με βιοτίνη. Τα προϊόντα της αντίδρασης υβριδίζονται σε διαμορφωμένα strip που φέρουν ειδικές αλληλόμορφες αλληλουχίες νουκλεοτιδίων παραταγμένες σε παράλληλη διάταξη.
Πλήρης έλεγχος Κυστικής Ίνωσης
Στον πλήρη έλεγχο πραγματοποιείται αλληλούχιση του γονιδίου της Κυστικής Ίνωσης με τη μέθοδο αλληλούχισης νέας γενιάς (NGS) και ανιχνεύεται το 99% των μεταλλάξεων.
Η αλληλούχιση πραγματοποιείται στην πλατφόρμα MiSeq Next Generation Sequencing (NGS). Με τη συγκεκριμένη τεχνική αναλύονται όλα τα εξώνια του γονιδίου της κυστικής ίνωσης, των ενδιάμεσων περιοχών ανάμεσα στις ιντρονικές/εξωνικές περιοχές, της περιοχής του υποκινητή καθώς και του αριθμού αντιγράφων του (CNVs).